Om Stedenbaan tot een succes te maken is samenwerking tussen allerlei verschillende partijen van belang. Er is niet alleen besluitvorming nodig binnen en tussen de Zuidvleugeloverheden: om kwalitatief hoogwaardig treinvervoer te regelen is het uiteraard nodig om met NS om tafel te zitten.

De Zuidvleugelpartners en NS hebben in 2006 een intentieovereenkomst getekend en als alles volgens plan gaat wordt er nog voor het einde van dit jaar een uitvoeringsovereenkomst getekend. Bij deze uitvoeringsovereenkomst zijn zowel NS en de Zuidvleugelpartijen betrokken en speelt ProRail bij verschillende deelopgaven ook een rol. De samenwerking voor Stedenbaan wordt dus steeds uitgebreider!